Você pode optar por eliminar o seu arquivos /pasta original ou apenas deixá-lo permanecer, conforme sua conveniência. O arquivo compactado não vai precisar desses arquivos originais mais agora. Além disso, o resultado seria apenas um arquivo zip não importa quantos arquivos você zip. Quando você descompactar o arquivo, você teria todos os seus arquivos como eram antes de fechar. Agora tudo que você tem a fazer é enviá-lo para o que nunca o seu vai estar usando para carregar os arquivos e você já terminou fechando o arquivo.