A partir de 1945 - 1950 Rotblat estava no comando da física nuclear em Liverpool Ele estava tão horrorizado com o uso de armas nucleares contra as cidades japonesas de Hiroshima e Nagasaki que ele dedicou sua energia ao desenvolvimento de. aplicações médicas que utilizam radiações nucleares.
Em colaboração com Chadwick, os isótopos radioativos de iodo e fósforo foram encontrados para ter aplicação útil. Além disso, ele colaborou com George Ansell em desenvolver o uso de iodo radioativo para o tratamento de problemas de tireóide, um protocolo de tratamento . usado até hoje Ele continuou esse tipo de trabalho - aplicação benéfico do seu conhecimento de física nuclear - pelo Medical College de Bartholomew, onde trabalhou por vinte e seis anos, com início em 1949.
Na notícia do bombardeio atômico de Hiroshima, Rotblat foi devastada, porque ele esperava que a arma não iria funcionar ou que ele seria usado como um projeto de demonstração a fim de mostrar os japoneses o horror desta arma. Ele acreditava firmemente que os cientistas não devem ser envolvidos no desenvolvimento e proliferação de armas nucleares. Em 1946, ele criou a Associação de Cientistas Atômica (ASA) para estimular o debate público em torno da questão das armas nucleares.
A associação teve uma agenda não-política voltada para educar o público sobre a utilização pacífica da radioatividade.
Rotblat estabeleceu um relacionamento com Bertrand Russell. Em 23 de dezembro de 1954, Russell fez uma transmissão de rádio destacando os perigos de testes nucleares; ele estava firme em sua convicção de que os cientistas devem assumir a liderança na informação do público. Para este fim, ele convenceu Einstein para ajudar a elaborar um manifesto. O Russell-Einstein Manifesto (ver comunicado) foi assinado por dez cientistas, incluindo Rotblat. Rotblat foi incansável em seus esforços para chamar a atenção para os perigos das armas nucleares e testes nucleares. Ele montou as Conferências Pugwash que, finalmente, tinha vinte e dois participantes, de âmbito internacional. Entre os participantes físicos, químicos, biólogos e um advogado. O foco desta conferência foi nas áreas de precipitação radioativa, a cumplicidade da corrida armamentista e as responsabilidades sociais dos cientistas. O Bill Controverso 183
e agora Reverses