A estratégia foi retomada pelo exército chinês also.In os ninjas do século 15 foram contratados para fins de invasão. Eles eram terroristas e incendiários por excelência. Em contrapartida, o samurai do Japão lutou duelos abertos. Mas durante os tempos difíceis de período Sengoku, houve grande demanda por ninjas e menos importância foi dada à respeitabilidade. Os ninjas se tornaram espiões, especialistas em emboscadas e agitações espalhando. Havia famílias de ninjas que formaram grandes alianças cada um com seu próprio território.
Dentro deles há ranking com o jonin ser o homem superior, o Chunin sendo o homem médio e os assistentes sendo jonin era. O menor foi o homem inferior ou genin. Estes últimos foram recrutados a partir das fileiras inferiores e enviado para a frente de trouble.Following o cerco de Osaka em 1614 os ninjas novamente veio a ser empregada. Miura Yoemon era um ninja empregado pelo senhor da guerra Tokugawa. Ele contratou mais ninjas de Iga os clãs e enviou dez deles para Osaka Castle. Vale a pena mencionar aqui que os ninjas que vinham de clãs.
Na pré-moderna antiga província de Iga viveu os clãs de Iga e Koga. Nesta região os aldeões estavam principalmente envolvidos em ser treinado para ser ninjas. Depois de uma tal vitória decisiva os ninjas de Iga tornou-se guardas para o território interior do castelo de Edo, perto de Tóquio moderna. Os ninjas do clã Koga tem compromissos na força policial e ajudou em guardar os portões exteriores do castelo. Nesse tempo, o Japão era originalmente conhecida como Ozakajō. Osaka desempenhou um papel importante na unificação do país nos ninjas century.
The 16o teve um papel fundamental durante a rebelião camponesa conhecida como Rebelião de Shimabara no século 17. Os camponeses eram em grande parte cristãos. Os ninjas Koja foram empregados por um shogun uma pessoa de militar rank.In os primeiros anos do século 18 shogun Tokugawa Yoshimune